ZOOT.059 Mejoramiento genético y reproducción animal

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/20.500.12996/6937

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    LLAPANGEN-Construcción del pangenoma de llamas (Lama glama) para la revelación integral de su diversidad genética
    Gutiérrez Reynoso, Gustavo Augusto (Universidad Nacional Agraria La Molina)
    La llama (Lama glama) es una especie fundamental para la economía y seguridad alimentaria de los habitantes de las zonas altoandinas, además de contribuir a la sostenibilidad de los ecosistemas de alta montaña al proveer fibra, carne y transporte. Adaptada a condiciones extremas por encima de los 4000 msnm, escasez de agua y alimentación basada en pastos de bajo valor nutricional, su población nacional está en declive, amenazando una diversidad genética valiosa para el futuro. Con el objetivo de conservar y manejar genéticamente esta especie, se requiere un mayor conocimiento de su diversidad genética y regiones genómicas mediante metodologías modernas de secuenciación (Next-generation sequencing) y el uso de pangenomas. Este proyecto busca incrementar el conocimiento de la diversidad genética y genómica de las poblaciones de llamas para asociarlas a sus características biológicas de adaptación al medio altoandino, con objetivos específicos como conocer la diversidad genética de las poblaciones, establecer el genoma de referencia de llama a nivel cromosómico, identificar las regiones genómicas distintivas que confieren sus capacidades adaptativas y fortalecer las capacidades científicas del grupo de investigación. Se analizará la diversidad genética utilizando polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) obtenidos por Genotyping by Sequencing (GBS) de 200 llamas de Puno, Cusco, Arequipa y Pasco, comparando parámetros como heterocigosidad observada (Ho), heterocigosidad esperada (He) y FIS, además de estudiar la estructura poblacional mediante relaciones genómicas y análisis de componentes principales. También se relevarán los ecosistemas y sistemas productivos donde se recolectarán las muestras de tejido de llama. Para establecer el genoma de referencia, se combinarán tecnologías de tercera generación de lecturas largas: PacBio (lecturas largas y alta fidelidad) y Oxford Nanopore (lecturas ultralargas), analizando muestras de 8 individuos de las variedades Chaku, Kara, Intermedia y Suri. Se aplicarán técnicas como captura de conformación cromatínica Hi-C y mapeo genómico óptico Bionano (OGM), ensamblando las secuencias de novo con Canu y validando el ensamblaje mediante hibridaciones in situ de fluorescencia (FISH). Para identificar las regiones genómicas distintivas de la llama, se compararán secuencias de genes relacionados con la adaptación a la altitud, estrés hídrico y térmico mediante análisis de pangenomas con genomas de alpaca, ovino y bovino. Se fortalecerá al equipo de investigación de la UNALM con la participación de 2 co-investigadores y 2 tesistas de posgrado en redacción científica, formulación de proyectos y difusión de resultados, además de fortalecer la colaboración con entidades socias para el desarrollo y sostenibilidad de la línea de investigación. Este proyecto será ejecutado por la Universidad Nacional Agraria La Molina en conjunto con instituciones nacionales como el INIA y universidades extranjeras como Texas A&M University (EE.UU.) y BOKU-University (Austria).